bioxm(基因序列分析软件)

Bioxm中文版是一款专为Windows平台设计的基因序列分析软件，由南京农业大学的学生研发。该软件提供丰富的功能，主要用于常规的DNA序列分析，包括ORF查找、序列格式化、翻译、限制酶切位点分析和引物设计辅助，适用于两个序列的Blast比较。同时，它还具备序列格式批量转换、引物浓度和Tm计算、酶位点查询、载体序列去除及SCI影响因子查询等实用工具。此外，软件收藏夹里整合了多种常用的基因和蛋白质分析网站，支持多序列比较和进化树分析。Bioxm中文版界面友好，操作简单，值得有需要的用户下载。

软件特色

1、酶切位点分析

输入序列之后，依次打开：序列分析>酶切位点分析，最后 点"开始分析"

2、DNA 统计分析

除了分析A、G、C、T、N的组成之外，还可以分析GC%的变化趋势。

3、序列比较

BioXM提供了两个序列比较的BLAST本地工具：

依次打开：序列分析>两个序列BLAST联配，依次选择序列比较的类型，输入序列后开始比较

常见问题

1、输入DNA序列BioXM似乎不能正确识别？

答： 这是因为BioXM默认打开的是氨基酸序列，您可以在菜单中选择序列整理命令。

2、序列窗口中的序列容易混淆，怎么办？

答： 鼠标双击序列窗口可以更改序列标签名，使您不会混淆各窗口。

3、每次输入DNA序列总是保留其他非法序列怎么办？

答： 您可以在选项中打开强制识别序列为DNA，这样就会祛除其他非法序列。但是如果您要打开氨基酸序列，必须关闭此项目。

4、如何才能快速了解新版本BioXM的特色？

答： 打开帮助>更新记录>可以使您快速了解新版本BioXM的特色。

5、我想编辑序列，该如何做？

答： 如果您要编辑序列或更改序列颜色，可以关闭工具栏中的是否允许序列自动格式化图标。

6、查找SSR时好象有所遗漏？

答： 其实这并不是BioXM的错误，考虑到相近的SSR有可能是相同的（至少非常相似）,我们设置了两个重叠SSR之间的距离，将其设置的小一些可能会出现更多的彼此靠近的SSR。

7、我运行BioXM总是忘记了时间怎么办？

答： 不要紧，您可以在选项中打开提醒打开BioXM时间选项卡，这样每过1个小时，BioXM就会自动提醒您。

8、窗口数目太少，怎么办？

答： 在工具>选项>序列窗口>中可以更改窗口出现的数目和背景色。 

更新日志

v2.6版本

1、增加了2-4个序列窗口，序列分析更加方便

2、改进了界面，增加了新的图标

3、选项中增加了序列窗口选项卡，允许设置窗口数目及背景颜色等

4、修改了Blast程序的界面，更专业

5、酶切位点的位置增加了简单的图示

6、允许改变序列窗口的标签名

7、菜单中增加了技巧和提示

8、选项中增加菜单显示方式：XP或2003式样

9、选项中增加是否需要运行BioXM时间提示

10、工具中加入SSR搜索程序(v1.00)，与其他程序相比，采用新的算法，对于超过100kb的序列搜索速度快

11、彻底改变文本框对于序列长度的限制

12、改进了序列快速格式化的算法，对于长序列速度显著加快

13、序列分析中加入蛋白质分子量和等电点计算